|
|
Studium genomu kvasinek rodu Metchnikowia pomocí molekulárních metod
Schneiderwindová, Nicole ; Skoumalová, Petra (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Kvasinky rodu Metschnikowia patřící do čeledě Metschnikowiacea jsou kvasinky vyznačující se vegetativním rozmnožováním prostřednictvím multilaterálního pučení. Jsou to kvasinky v přírodě značně rozšířené. Dosud bylo definováno více než 35 druhů vyskytujících se ve volné přírodě. Nejčastěji se vyskytují na květech, ovoci, ale také na hmyzu či kůži člověka. Mají širokou škálu využití díky svým antimykotickým účinkům v polnohospodářství i kosmetickém průmyslu. Tato bakalářská práce se zabývá studiem využití molekulárních metod k charakterizaci vybraných druhů kvasinek rodu Metschnikowia. Je zaměřená na podrobný popis struktury buňky kvasinek, jejich karyotyp a způsob rozmnožování v teoretické části práce, v praktické části pak na optimalizaci a popis molekulárních metod zahrnujících metody pulzní gelové elektroforézy, které se používají k separaci genomu kvasinek a jejich následnému podrobení pozorování změn jednotlivých částí genomu i genomu jako celku. Nejdříve proběhla kultivace kvasinek za speciálních podmínek, které jsou charakteristické pro kvasinky rodu Metschnikowia, dále za pomocí metod vhodných pro izolaci DNA byla izolována DNA kvasinek, která byla dále podrobena zkoumání pomocí molekulární metody PFGE. Postup izolace DNA byl nejdříve optimalizován pro jednotlivé kmeny kvasinek, jelikož bylo potřeba ověřit potřebný poměr low melting agarosy ku izolované DNA a také správnou koncentraci použitých lyzačních enzymů, aby vzniklé gelové bločky byly vhodné pro měření pomocí PFGE analýzy. Pomocí optimalizace metody se podařilo vytvořit ideální bločky vyizolované DNA kvasinek, které byly následně podrobeny PFGE analýze. Bylo provedeno několik měření PFGE v různých časových intervalech, aby bylo možné oddělit chromozomy kvasinek malých i větších velikostí. Pro měření byl použit CHEF standard kvasinky Hansenula wingei a standard kvasinky Schizosaccharomyces pombe. Dle výsledků měření lze určit, že postup izolace DNA kvasinek a následná analýza pomocí pulzní gelové elektroforézy byly úspěšné, jelikož se podařilo určit počet chromozomů všech použitých druhů kvasinek rodu Metschnikowia.
|
|
|
Mikrobiální profil modelových sýrů vybraného typu
Lavičková, Ivana ; Veselá, Mária (oponent) ; Vítová, Eva (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací mikroorganismů ve vzorcích experimentálně vyrobených sýrů. Modelové vzorky sýrů byly vyrobeny ve spolupráci se soukromým výrobcem. Jako surovina bylo použito nepasterované mléko v „bio“ kvalitě. V teoretické části je uveden přehled dané problematiky obsahující charakteristiku sýrů, jejich vlastností a složek. Zvláštní kapitola je věnována molekulárně diagnostickým metodám sloužícím k identifikaci mikroorganismů. V experimentální části této práce byly ve vzorcích sýra pomocí polymerázové řetězové reakce identifikovány vybrané mikroorganismy. DNA byla izolována z připravených hrubých lyzátů buněk metodou fenolové extrakce, amplifikována pomocí specifických primerů a prokazována gelovou elektroforézou. V sýrech byla prokázána DNA bakterií mléčného kvašení (Lactobacillus spp., Lactococcus spp.) a kvasinek. Vzorky neobsahují DNA patogenních rodů Bacillus a Salmonella.
|
|
|
Izolace, identifikace a charakterizace mikroflóry vína a vybraných potravin
Šuranská, Hana ; Španová, Alena (oponent) ; Jarošová, Alžběta (oponent) ; Omelková, Jiřina (vedoucí práce)
Předložená disertační práce se zabývá mikrobiologií vína a ručně vyráběných sýrů. První část práce je zaměřena na identifikaci kvasinkové mikroflóry izolované z bobulí a moštů během kvasného procesu výroby moravských vín. Jako matrice byly voleny odrůdy bílého (Sauvignon) a červeného (Rulandské modré) vína pocházející z integrované a ekologicky ošetřené vinice. Čisté kultury byly identifikovány molekulární metodou ITS-PCR-RFLP (amplifikující oblast vnitřního přepisovaného mezerníku ITS: ITS1, ITS2 a 5,8S rDNA) za použití tří až sedmi restrikčních endonukleáz a následně sekvenací ITS oblasti u vybraných izolátů. Z celkového počtu 524 izolátů bylo identifikováno 14 druhů řadící se do šesti rodů. Na začátku se fermentačního procesu účastnily nesaccharomycetní druhy s převahou druhu Hanseniaspora uvarum, v pozdějších fázích, díky rostoucí koncentraci alkoholu, byl predominantní druh Saccharomyces cerevisiae. Cílem práce bylo dále zavést postup aplikace selektovaných kmenů S. cerevisiae při řízené velkoobjemové výrobě vína. Předpokladem selekce byla v první řadě kmenová identifikace druhu S. cerevisiae. Rod Saccharomyces byl od ostatních nesaccharomycetních druhů odlišen metodou ITS-PCR-RFLP. Za účelem druhového a následně i kmenového odlišení byla aplikována řada dalších molekulárních metod zahrnujících PCR-fingerprinting (rep- a RAPD-PCR), druhově-specifické primery (multiplexní a touchdownovou PCR), LSU-DGGE a amplifikaci delta oblastí rDNA druhu S. cerevisiae. Druhově specifické primery odlišily některé druhy komplexu Saccharomyces sensu stricto, amplifikace delta sekvencí za použití primerů 1-2 se ukázala být vhodným nástrojem k odlišení kmenů druhu S. cerevisiae. Celkově bylo izolováno 120 kmenů rodu Saccharomyces, z toho bylo identifikováno 45 kmenů odlišných. Na základě dobrých technologických vlastností (osmotolerance, alkoholová tolerance, nízká produkce H2S aj.) byl vybrán autochtonní kmen S. cerevisiae 1-09 izolovaný z bobulí. Tento kmen byl testován při velkoobjemové fermentaci. Na základě chemické a senzorické analýzy vín byla na závěr posouzena vhodnost kmene pro výrobu vína. Vína připravená inokulací moštu autochtonním kmenem S. cerevisiae 1-09 se výrazně nelišila od vín, která byla připravena inokulací moštu komerčně dostupným kmenem. Další část práce je zaměřena na izolaci, kvantifikaci a identifikaci kvasinek z ručně vyráběných sýrů a jejich meziproduktů pocházejících ze zemí západního Balkánu. Izolované druhy byly identifikovány metodou ITS-PCR-RFLP, sekvenací, fyziologickými testy. Mezi dvaceti identifikovanými druhy byly D. hansenii, C. zeylanoides a Y. lipolytica druhy dominantními. Za účelem přímé detekce komplexního mikrobiálního systému zahrnujícího kvasinky a plísně byly aplikovány metody přímé analýzy DNA. Nově zavedená kultivačně nezávislá metoda založená na konstrukci knihovny z metagenomové DNA (ITS genomová knihovna spojená s restrikční analýzou) byla srovnána s kultivačně nezávislou LSU-DGGE a taktéž s kultivačně závislou ITS-PCR-RFLP. Odlišnosti mezi metodami byly potvrzeny korelační analýzou a stanovenými indexy biodiverzity a dominance jednotlivých druhů. Tato studie, založená na analýze sekvencí DNA obdržené přímo ze vzorků, vrhá nový pohled na mikrobiální diverzitu a může tak otevírat nové perspektivy přímé komplexní analýzy kvasinek a plísní nejen z potravinových matric, ale i jiných přirozených prostředí.
|
|
|
Metody molekulární diagnostiky parazitických helmintů
Dejmková, Tereza ; Leontovyč, Roman (vedoucí práce) ; Škorpíková, Lucie (oponent)
Helmintózy představují významné zdravotní riziko, proto je nezbytné k diagnostice těchto onemocnění využívat efektivní a rapidní diagnostické metody, mezi které patří i molekulární metody, jež jsou shrnuty v této bakalářské práci. Úvodní kapitola rozebírá biologii významných lidských helmintóz. Následující kapitoly popisují metody izolace, vizualizace DNA a molekulární metody, které jsou využívány v testech pro diagnostiku helmintóz. V rámci této práce jsou kapitoly zabývající se molekulárními metodami rozděleny do dvou částí. První část je věnována PCR a jeho modifikacím, druhá se zaměřuje na metody izotermální amplifikace DNA, které představují praktičtější a efektivnější alternativu k PCR. U všech metod jsou diskutovány jejich výhody, nevýhody a příklady helmintóz, u kterých byly aplikovány. Závěrečná kapitola se věnuje vlivu pandemie COVID-19 na vývoj molekulárních diagnostických metod, během které byly upraveny stávající protokoly či aplikovány nové molekulární metody za účelem zvýšení efektivity. Tato bakalářská práce přináší přehled dodnes využitých molekulárních metod na diagnostiku helmintóz. Zároveň diskutuje vliv pandemie COVID-19 na rozvoj molekulární diagnostiky a tím nastiňuje možný budoucí vývoj molekulárních diagnostických metod v oblasti helmintologie.
|
|
| |
|
|
Střevní paraziti ptáků na Svalbardu
ŽÁNOVÁ, Veronika
Cílem této práce bylo získat poznatky o rozšíření střevních parazitů u ptáků na Svalbardu. Pro detekci vnějších stádií kokcidií, kryptosporidií a mikrosporidií byly zvoleny neinvazivní koprologické metody. Součástí výzkumu byl sběr vzorků trusu v terénu a laboratorní vyšetření mikroskopickými a molekulárními metodami.
|
|
| |
|
|
Variabilita druhu \kur{Calamagrostis varia}
NAKLÁDALOVÁ, Jana
Calamagrostis varia je kriticky ohroženým druhem Česka. Má zajímavý areál, jehož hlavní část je ve vápencových částech Alp a Karpat a několik izolovaných arel je na jeho severním okraji. Ekologie těchto lokalit je velmi různorodá. Proto jsme se rozhodli studovat variabilitu druhu. V této studii je analyzována DNA ploidní úroveň průtokovou cytometrií, morfometrické znaky a 2 genetické markery na 50 populacích napříč areálem C. varia.
|
|
|
Application of molecular methods in population genetic studies
Šurinová, Mária
Velké spektrum faktorů může formovat genetickou strukturu populací rostlin. V této disertační práci se soustředím na dva z nich. První faktor, polyploidizace, je proces množení chromozomových sad prostřednictvím duplikace celého genomu v rámci jednoho druhu (autopolyploidia) nebo hybridizace genomů dvou různých druhů (alopolyploidia). Tento proces rychle přináší nové varianty do genomů, což umožňuje druhům obsadit odlišné arealy, přizpůsobit se novým biotopům a kolonizovat je nebo se přizpůsobit měnícímu se prostředí v jejich původním areálu. Výhody polyploidizace jsou spojeny s nevýhodami v podobě komplikací v mitóze a meióze a změnami v buněčné architektuře. Kromě toho, po vytvoření cytotypu se noví jedinci musí vypořádat s efektem vyloučení cytotypu, konkurencí s rodičovskými jedinci a vyššími požadavky na živiny. V této práci představuji vliv polyploidizace na populace tří druhů - Arabidopsis arenosa, Aster amellus a Festuca rubra. Druhým faktorem měnícím genetickou strukturu populací prezentovaných v této práci je fragmentace populací. Fragmentace populace může být způsobena přírodními nebo antropogenními aktivitami a často vede k celkovému snížení velikosti populace a snížení konektivity mezi fragmenty. Omezený tok genů může ohrozit dlouhodobé přežití populace v důsledku inbrední deprese a...
|
|
|
Conspecific brood parasitism: a case study on the common pochard and the barn swallow
Petrželková, Adéla ; Hořák, David (vedoucí práce) ; Musil, Petr (oponent) ; Guillemain, Matthieu (oponent)
Tato disertační práce se zabývá vnitrodruhovým hnízdním parazitismem u ptáků (VHP). VHP je alternativní reprodukční strategie, kdy parazitická samice klade vejce do hnízda cizí hostitelské samice stejného druhu. Parazitická samice následně hnízdo hostitele opouští a ušetří tak energii, kterou by jinak musela investovat do rodičovské péče. Jelikož mezi parazitickým a hostitelským vejcem či mládětem není znatelný morfologický rozdíl, je problematické VHP rozpoznat. Proto je pro jeho určení vhodné použít molekulární metodiku. VHP může být použit jako "a best-of-bad-job" strategie, kdy samice nemá vlastní hnízdo a vejce snáší pouze paraziticky, nebo o hnízdo přišla např. kvůli predaci. Další možnost je, že samice mohou zvýšit svoji fekunditu ("fecundity enhancement"). V tomto případe samice často klade parazitická vejce a později zakládá vlastní snůšku. V rámci této disertační práce byly studovány dva modelové druhy. Prvním druhem byla prekociální potápivá kachna - polák velký (Aythya ferina; Anseriformes; Anatidae). Parazitická vejce byla určena pomocí proteinového fingerprintingu a díky této metodě bylo také možné rozlišit vejce jednotlivých samic. Míra VHP byla u poláka velkého relativně vysoká (91 %, 72 %; Kapitola 1, 4). Velikost snůšky hostitelské samice byla negativně ovlivněna počtem cizích...
|
host ::
RSS.